Outre l'intégralité de son traitement ainsi que des primes et indemnités afférentes à son grade, à son échelon et à son emploi et le complément de traitement indiciaire mentionné au décret n° 2020-1152 du 19 septembre 2020 relatif au versement d'un complément de traitement indiciaire à certains agents publics, le bénéficiaire d'une période de service à temps partiel pour raison thérapeutique conserve les avantages familiaux et les indemnités accessoires qui ne sont pas attachées à l'exercice des fonctions et qui n'ont pas le caractère de remboursement de frais.
Les dispositions des régimes indemnitaires qui prévoient leur modulation en fonction des résultats et de la manière de servir de l'agent demeurent applicables.