Le médecin du travail exerce son activité médicale, en toute indépendance et dans le respect des dispositions du code de la santé publique. Le médecin du travail agit dans l'intérêt exclusif de la santé et de la sécurité des agents dont il assure la surveillance médicale. Ce médecin ne peut être chargé des visites d'aptitude physique prévues à l'article 10 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 relatif à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux. Il ne peut être médecin de contrôle.

Sans préjudice des missions des médecins chargés des visites d'aptitude physique, le médecin du travail peut formuler un avis ou émettre des propositions lors de l'affectation de l'agent au poste de travail au vu de ses particularités et au regard de l'état de santé de l'agent.

Dans ce cas, les rôles respectifs du médecin du travail et du médecin agréé s'exercent de façon complémentaire : le médecin agréé vérifie l'aptitude à l'exercice d'un emploi public correspondant aux fonctions postulées ; le médecin du travail vérifie la compatibilité de l'état de santé de l'agent avec les conditions de travail liées au poste occupé par l'agent.

Le médecin du travail reçoit de l'autorité territoriale, de celle du centre de gestion lorsqu'il appartient à celui-ci, une lettre de mission précisant les services pour lesquels il est compétent, les objectifs de ses fonctions, les conditions d'exercice de ses missions ainsi que le temps de travail à accomplir.

Lorsque l'autorité territoriale décide de ne pas renouveler l'engagement d'un médecin du travail, pour un motif tiré du changement dans les modalités d'organisation et de fonctionnement du service de médecine de prévention, elle en informe la formation spécialisée en matière de santé, de sécurité et des conditions de travail compétente ou, à défaut, le comité social territorial compétent en lui communiquant les raisons de ce changement.

En cas de rupture du lien contractuel pour un motif disciplinaire ou lié à la personne du médecin, cette rupture ne peut intervenir qu'après avis de la formation spécialisée en matière de santé, de sécurité et des conditions de travail ou, à défaut, de cette instance sociale territoriale. L'autorité territoriale met en outre l'intéressé en mesure de consulter son dossier. Le médecin doit faire l'objet d'une convocation écrite lui indiquant l'objet de celle-ci. Au cours de l'entretien, l'autorité territoriale est tenue d'indiquer le ou les motifs de la décision envisagée et de recueillir les observations de l'intéressé. L'avis émis par l'instance est communiqué sans délai au médecin ainsi qu'à l'autorité territoriale, qui statue par décision motivée. L'autorité territoriale informe l'instance de sa décision.
En cas de faute professionnelle d'ordre déontologique, l'autorité administrative engage la procédure prévue à l'article L. 4124-2 du code de la santé publique. Elle peut suspendre le lien contractuel avec le médecin du travail en attendant la décision du conseil de l'ordre des médecins.