Chacune des questions figurant à l'ordre du jour du conseil ou de sa section permanente fait l'objet d'un exposé introductif présenté par un rapporteur désigné par le ministre chargé de l'éducation. Le rapporteur de la commission spécialisée concernée présente ensuite son rapport, s'il en fait la demande.
Le ministre chargé de l'éducation peut, de sa propre initiative ou à la demande du quart des membres du conseil, inviter toute personne compétente, et notamment des fonctionnaires des autres ministères, à participer aux débats.
A la demande d'un quart de leurs membres, le conseil plénier ou la section permanente peuvent décider d'entreprendre des études sur des sujets de leur compétence et désigner un rapporteur à cet effet.
Le président du conseil plénier, de la section permanente ou d'une commission spécialisée peut convoquer des experts à la demande d'une organisation représentée afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour.
Les experts n'ont pas voix délibérative. Ils ne peuvent assister, à l'exclusion du vote, qu'à la partie des débats relative aux questions pour lesquelles leur présence a été demandée.
Tout ministre peut, avec l'accord du ministre chargé de l'éducation, désigner un représentant pour participer aux débats de nature à intéresser spécialement son département, tant au conseil plénier qu'à sa section permanente.
Les projets de textes sont soumis au vote après audition des rapports et discussion générale. S'il s'agit d'un projet de loi, le conseil peut, soit émettre un avis d'ensemble, soit passer à la discussion des articles avant d'émettre un avis d'ensemble. Pour tous les textes législatifs ou réglementaires présentés au conseil, tout membre du conseil peut proposer un amendement qui est soumis au vote.
Dans tous les cas, les textes soumis au vote sont ceux proposés par l'administration en séance.