Le conseil d'établissement ne peut valablement délibérer que si la majorité de ses membres ayant voix délibérative sont présents. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil d'établissement est convoqué en vue d'une nouvelle réunion, qui doit se tenir dans un délai minimal de huit jours et maximal de vingt et un jours ; il délibère valablement quel que soit le nombre de membres présents.
Le secrétariat du conseil d'établissement est assuré par un membre de l'administration de l'établissement désigné par le directeur.
Dès sa première réunion, le conseil d'établissement établit son règlement intérieur dans lequel sont notamment précisées ses modalités de fonctionnement.