Jusqu'à la mise en place du conseil d'administration prévu à l'article 35 de la loi du 26 janvier 1984 susvisée et la nomination de l'agent comptable, la gestion financière et comptable est assurée par l'université de technologie de Compiègne. Les recettes et les dépenses de l'université de technologie de Troyes sont individualisées au sein du budget de l'université de technologie de Compiègne.
Le directeur en fonctions est ordonnateur secondaire du budget de l'université de technologie de Compiègne, pour ce qui concerne l'université de technologie de Troyes.