Le directeur de l'institut est nommé pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé de l'éducation nationale, après appel de candidature, après avis du conseil d'administration et du président de CY Cergy Paris Université. Il est choisi parmi les personnes qui ont vocation à participer à la formation des personnels accueillis par l'Institut.

Le directeur des études est désigné par le directeur pour la durée de son mandat après avis du conseil d'administration. Après avis du conseil d'administration, le directeur peut mettre fin aux fonctions du directeur des études.