Lorsque l'agence agit pour le compte de l'Etat ou d'un de ses établissements publics, en qualité de mandataire, les missions qui lui sont confiées sont définies, dans les conditions mentionnées aux articles L. 2422-5 à L. 2322-7 du code de la commande publique, par une convention de mandat conclue entre l'agence et le garde des sceaux, ministre de la justice, ainsi que, le cas échéant, le ministre dont dépend le service auquel l'immeuble est affecté ou l'établissement public intéressé.

Lorsque l'agence agit pour le compte d'une collectivité territoriale ou d'un de ses établissements publics en la même qualité, les missions qui lui sont confiées sont définies dans les mêmes conditions par une convention conclue entre l'agence et la collectivité territoriale ou l'établissement public intéressé.

Lorsque l'agence agit en qualité de maître d'ouvrage pour le compte de l'Etat ou réalise en son nom des acquisitions foncières, les modalités d'exécution des missions qui lui sont confiées sont définies par une convention, qui précise notamment les caractéristiques fonctionnelles de l'ouvrage à réaliser, les décisions qui relèvent de la seule responsabilité de l'agence, les modalités selon lesquelles l'agence rend compte aux autorités de tutelle du déroulement des projets, les conditions de mise en place des autorisations d'engagement et de versement des crédits de paiement et, le cas échéant, les relations administratives et financières de l'établissement public avec les services préfectoraux.

Lorsque l'agence négocie, conclut et gère des marchés globaux de performance ou des marchés de partenariat, elle agit en exécution d'une convention qui précise notamment l'étendue et la durée de sa mission, les modalités de financement des projets gérés et celles selon lesquelles l'agence rend compte aux autorités de tutelle du déroulement des projets, ainsi que les conditions du transfert des contrats aux administrations utilisatrices.