Dans chaque groupement de bassin créé par l'application de la loi du 16 décembre 1964 précitée, une mission déléguée de bassin est chargée de préparer les travaux de la mission interministérielle de l'eau en ce qui concerne les problèmes intéressant sa circonscription, de contribuer au niveau du bassin à la coordination, notamment entre les régions, des responsabilités de l'Etat, de rassembler, pour le compte des administrations centrales, les éléments permettant une planification nationale dans le domaine de l'eau, et de donner son avis sur les questions qui lui sont soumises.
La mission déléguée de bassin comprend les fonctionnaires membres du conseil d'administration de l'agence financière de bassin ou leurs représentants. Elle est présidée par le préfet coordonnateur du bassin.
Les préfets des autres régions comprises en tout ou en partie dans la circonscription du bassin ainsi que le directeur de l'agence financière de bassin participent aux réunions de la mission déléguée de bassin.
Le directeur régional de l'environnement assure les fonctions de secrétaire de la mission déléguée de bassin.