Lorsqu'un fonctionnaire a obtenu pendant une période de douze mois consécutifs des congés de maladie d'une durée totale de douze mois, il ne peut, à l'expiration de sa dernière période de congé, reprendre son service sans l'avis favorable du conseil médical : en cas d'avis défavorable, s'il ne bénéficie pas de la période de préparation au reclassement prévue par le décret n° 84-1051 du 30 novembre 1984 relatif au reclassement des fonctionnaires de l'Etat reconnus inaptes à l'exercice de leurs fonctions, il est soit mis en disponibilité, soit reclassé dans un autre emploi, soit, s'il est reconnu définitivement inapte à l'exercice de tout emploi, admis à la retraite après avis d'un conseil médical.

Pendant toute la durée de la procédure requérant l'avis du conseil médical, le fonctionnaire est placé, à titre provisoire, dans la position de disponibilité pour raison de santé prévue par l'article 48. Il perçoit une indemnité égale au montant du traitement et, le cas échéant, des primes et indemnités qu'il percevait à l'expiration de son congé de maladie. Cette indemnité est versée au fonctionnaire jusqu'à la date de la décision de reprise de service, de reclassement, de mise en disponibilité ou d'admission à la retraite.
Lorsque l'instruction de son dossier par le conseil médical nécessite l'expertise d'un médecin agréé, le fonctionnaire doit se soumettre, sous peine d'interruption du versement de cette indemnité, à cet examen.
Cette indemnité reste acquise au fonctionnaire placé en disponibilité à l'issue de la procédure requérant l'avis du conseil médical. La part de cette indemnité excédant le montant de la rémunération du fonctionnaire admis à reprendre son service ou reclassé ou celui de la pension du fonctionnaire admis à la retraite reste également acquise à l'agent.

Le fonctionnaire qui, à l'expiration de son congé de maladie, refuse sans motif valable lié à son état de santé le ou les postes qui lui sont proposés peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire.