L'Ecole nationale supérieure maritime est administrée par un conseil d'administration assisté un conseil scientifique, d'un conseil des études, d'un conseil de perfectionnement et d'un conseil des parties intéressées.
Elle est dirigée par un directeur général nommé pour cinq ans, par décret, sur proposition du ministre chargé de la mer, après avis du conseil d'administration. Il est nommé après appel public à candidatures faisant l'objet d'une publicité au Journal officiel de la République française et sur proposition d'un comité de sélection dont les membres sont nommés par ce ministre. Le comité de sélection est composé de cinq à dix membres. Son organisation et son fonctionnement sont fixés par arrêté du même ministre.
Le mandat du directeur général est renouvelable une fois.