Le directeur de la sécurité aéronautique d'Etat est nommé sur proposition du ministre de la défense, après avis du ministre de l'intérieur et du ministre chargé des douanes.
En matière de navigabilité et d'immatriculation des aéronefs d'Etat, le directeur de la sécurité aéronautique d'Etat est assisté par un adjoint, directeur de la navigabilité, qui le supplée, en cas d'absence ou d'empêchement, pour l'exercice de ses attributions dans ce domaine. Il est nommé sur proposition du directeur de la sécurité aéronautique d'Etat, après avis des autorités d'emploi.
En matière de circulation aérienne, organisation et gestion de l'espace aérien, le directeur de la sécurité aéronautique d'Etat est assisté par un adjoint officier général de l'armée de l'air et de l'espace, directeur de la circulation aérienne militaire, qui le supplée, en cas d'absence ou d'empêchement, pour l'exercice de ses attributions dans ce domaine.
Un arrêté du ministre de la défense, pris après avis du ministre de l'intérieur et du ministre chargé des douanes, fixe l'organisation de la direction de la sécurité aéronautique d'Etat.