La commission établit son règlement intérieur et en arrête les modalités d'application.
Le règlement intérieur de la commission précise notamment :

- les modalités de désignation des instructeurs mentionnés à l'article 6 ;
- les modalités de l'instruction technique des dossiers de demande d'avis ;
- les règles de déontologies s'appliquant aux membres de la commission et aux experts et instructeurs sollicités.

Le règlement intérieur de la commission est publié sur son site internet.