Chaque exploitant et le gestionnaire d'infrastructure élaborent un système de gestion de la sécurité qui précise les mesures de maintenance et d'exploitation nécessaires pour assurer, pendant toute la durée d'exploitation du système, la sécurité des usagers, des personnels d'exploitation et des tiers.
Le système de gestion de la sécurité présente également le dispositif permanent de contrôle et d'évaluation du niveau de sécurité par analyses, surveillances, essais et inspections, ainsi que les modalités de gestion des contraintes exportées de cybersécurité susceptibles d'affecter la sécurité des usagers, des personnels d'exploitation et des tiers.
Il décrit en outre les spécifications mises en œuvre pour l'exécution des tâches de sécurité ainsi que les mesures prises en matière de formation du personnel et d'organisation du travail afin de permettre le respect de la réglementation technique et de sécurité.

Il précise également les règles d'exploitation relatives à la circulation des engins de travaux.
L'approbation du règlement de sécurité de l'exploitation vaut approbation des orientations du système de gestion de la sécurité.
Toute modification du règlement de sécurité de l'exploitation est soumise à l'approbation du préfet, lorsqu'elle n'est pas consécutive à une modification substantielle faisant l'objet d'une demande d'autorisation de mise en service dans les conditions prévues à l'article 26. La décision du préfet intervient dans un délai de deux mois après réception du dossier. A défaut de réponse dans ce délai, l'approbation est réputée refusée.
Le contenu minimal du règlement de sécurité de l'exploitation est précisé par un arrêté conjoint du ministre chargé des transports et du ministre chargé de la sécurité civile.