Les candidats font connaître, lors du dépôt de leur dossier de candidature, le diplôme d'études spécialisées, l'option ou la formation spécialisée transversale au titre duquel ou de laquelle ils postulent ainsi que la subdivision dans laquelle ils souhaitent accomplir la formation de troisième cycle.

Un arrêté conjoint du ministre de la défense et des ministres chargés de la santé et de l'enseignement supérieur détermine les conditions d'éligibilité, la composition et les modalités de dépôt du dossier de candidature permettant d'évaluer les connaissances et les compétences du candidat ainsi que son projet professionnel.