Les congés pris au titre du compte épargne-temps sont assimilés à une période d'activité et sont rémunérés en tant que telle. Pendant ces congés, l'agent conserve, notamment, ses droits à avancement, à retraite et à congés. Il conserve également la rémunération qui était la sienne avant l'octroi de ce congé.
A l'issue d'un congé de maternité, d'adoption, de paternité, d'accueil de l'enfant, de proche aidant ou de solidarité familiale, l'agent qui en fait la demande bénéficie de plein droit des droits à congés accumulés sur son compte épargne-temps.