L'Institut et les académies suivent les règles de la comptabilité publique.
Le règlement de l'Autorité des normes comptables relatif aux comptes annuels des personnes morales de droit privé à but non lucratif s'applique aux fondations abritées par l'Institut et les académies. A défaut de dispositions spécifiques prévues par ledit règlement, le référentiel comptable résultant de l'application des articles 54, 201 et 202 du décret du 7 novembre 2012 précité s'applique.