Le chef du service veille à la répartition des moyens de fonctionnement des missions régionales d'autorité environnementale.
Dans chaque région, la mission régionale bénéficie de l'appui technique d'agents du service régional chargé de l'environnement dans les conditions fixées à l'article R. 122-24 du code de l'environnement. Une convention entre le président de la mission régionale et le directeur du service régional chargé de l'environnement règle les conditions dans lesquelles ces agents sont placés sous l'autorité fonctionnelle du président de la mission régionale afin que celle-ci dispose d'une autonomie réelle, la mettant en mesure de remplir la mission de consultation qui lui est confiée et de rendre des décisions ou des avis objectifs, sur les projets, plans et programmes qui lui sont soumis. Cette convention est conforme à un modèle-type arrêté par le ministre chargé de l'environnement.
Les fonctions de membre associé de la formation nationale et des missions régionales d'autorité environnementale donnent lieu à indemnité.