Les fonctionnaires du corps de commandement contribuent à l'élaboration de la politique de prise en charge des personnes faisant l'objet d'une mesure privative ou restrictive de liberté, dans le cadre de l'exécution des décisions et sentences pénales et du maintien de la sécurité générale de l'établissement.
Ils sont chargés du commandement des fonctionnaires du corps d'encadrement et d'application. Ils assurent les fonctions de chef de détention, d'adjoint au chef de détention ou de responsable d'un service dans les établissements pénitentiaires. Ils peuvent être affectés dans tout autre service relevant de l'administration pénitentiaire.
Ils peuvent également exercer la fonction de chef d'établissement ou d'adjoint au chef d'établissement. Dans ces fonctions, ils ne peuvent occuper le même poste que pour une durée maximale de sept ans.
Ils exercent leurs missions en tenue ou en civil selon la nature des fonctions assurées.