L'Université Marie et Louis Pasteur assure l'ensemble des activités de l'université de Besançon et de la communauté d'universités et établissements Université Bourgogne-Franche-Comté auxquelles elle se substitue. Elle partage et coordonne certaines compétences avec les établissements-composantes mentionnés à l'article 1er. Elle peut conduire ses missions avec des établissements associés et organismes nationaux de recherche dans les conditions définies par ses statuts.