Les Fonds ESI sont utilisés pour accorder un soutien sous forme de subventions, de prix, d'aides remboursables, d'instruments financiers, ou d'une combinaison de ceux-ci.
Dans le cas d'une aide remboursable, le soutien remboursé à l'organisme qui l'a accordé ou à une autre autorité compétente de l'État membre est conservé sur un compte séparé ou distingué au moyen de codes comptables et réutilisé pour le même objectif ou en conformité avec les objectifs du programme.