Le présent règlement entre en vigueur le jour suivant celui de sa publication au Journal officiel de l'Union européenne.

Il s'applique à partir du 1er janvier 2009.

Toutefois:

a) l'article 138 est applicable à partir du 1er janvier 2010;

b) les normes relatives à l'établissement et/ou au maintien d'habitats, le respect des procédures d'autorisation en cas d'utilisation d'eau à des fins d'irrigation et la spécification des particularités topographiques, comme indiqué à l'annexe III, s'appliquent à partir du 1er janvier 2010;

c) la norme relative à l'établissement de bandes tampons le long des cours d'eau prévue à l'annexe III s'applique à partir du 1er janvier 2010, au plus tôt, et du 1er janvier 2012, au plus tard.

Le présent règlement est obligatoire dans tous ses éléments et directement applicable dans tout État membre.