L'entente interrégionale est administrée par un conseil composé de délégués des conseils régionaux élus au scrutin proportionnel à la plus forte moyenne. Les listes de candidats peuvent comporter moins de noms que de sièges à pourvoir. La décision institutive détermine le nombre de membres et la répartition des délégués entre chaque conseil régional.
Le conseil règle par ses délibérations les affaires relevant de la compétence de l'entente interrégionale.
Il élit au scrutin proportionnel à la plus forte moyenne une commission permanente renouvelée après chaque renouvellement de ce conseil. Il peut déléguer à la commission permanente une partie de ses attributions à l'exception de celles qui ont trait au budget et aux comptes.
Le conseil arrête son règlement intérieur dans les conditions fixées à l'article 11 de la loi n° 72-619 du 5 juillet 1972 portant création et organisation des régions.
Les autres règles relatives au fonctionnement du conseil et de la commission permanente ainsi que celles relatives à l'exécution de leurs délibérations sont celles fixées pour les régions.
Les conseils économiques et sociaux des régions membres de l'entente interrégionale peuvent être saisis, à l'initiative du président de l'entente, de demandes d'avis et d'études sur tout projet à caractère économique, social ou culturel du domaine de compétence de l'entente. Ils peuvent en outre émettre des avis sur toute question entrant dans les compétences de l'entente interrégionale.