Sous réserve de l'irrecevabilité relevée d'office par l'Institut national de la propriété industrielle et des cas de suspension ou de clôture de la procédure mentionnés respectivement aux articles R. 613-44-10 et R. 613-44-12, l'instruction de l'opposition se déroule suivant les quatre phases suivantes :
1° Une phase d'information et de recueil de l'avis du titulaire du brevet.
Le directeur général de l'Institut notifie sans délai l'opposition au titulaire du brevet. Un délai est imparti à ce dernier pour présenter à l'Institut des observations en réponse ou proposer la modification du brevet et, le cas échéant, constituer un mandataire en application du cinquième alinéa de l'article R. 613-44 ;
2° Une phase d'élaboration de l'avis d'instruction par l'Institut.
Dans les trois mois au plus tard suivant l'expiration du délai mentionné au 1°, le directeur général de l'Institut notifie un avis d'instruction rédigé à partir des éléments fournis par les parties. Un délai est imparti à ces dernières pour présenter leurs observations ou, s'agissant du titulaire du brevet, proposer des modifications du brevet contesté. Cette notification est accompagnée, le cas échéant, des observations ou propositions de modification du brevet présentées par le titulaire du brevet en application du 1° ;
3° Une phase écrite.
A l'expiration du délai mentionné au 2°, dans le cas où au moins l'une des parties a produit des observations ou bien que le titulaire du brevet a présenté des propositions de modification du brevet en réponse à l'avis d'instruction, notification en est faite aux parties. Un délai est imparti à ces dernières pour présenter leurs observations en réponse ou, s'agissant du titulaire, pour proposer de nouvelles modifications du brevet. En cas de réponse par au moins l'une des parties, notification en est faite à ces dernières à l'expiration de ce délai ;
4° Une phase orale.
Dans le cadre de la présentation de ses observations écrites, chaque partie peut demander à présenter des observations orales. Le directeur général de l'Institut peut également inviter sans demande préalable les parties à présenter des observations orales s'il l'estime nécessaire pour les besoins de l'instruction. Les parties sont alors réunies à l'issue de la phase écrite de l'instruction afin de présenter leurs observations orales, selon des modalités fixées par décision du directeur général de l'Institut.