Le secrétariat du comité du contentieux est placé sous l'autorité du président. Il est dirigé par un secrétaire nommé, sur proposition du président du comité, parmi les fonctionnaires de la direction générale des finances publiques ou de la direction générale des douanes et des droits indirects ayant au moins le grade d'inspecteur principal.
Les moyens nécessaires au fonctionnement du secrétariat, notamment les moyens en personnel, sont mis à la disposition du président du comité par le ministre du budget.