Le secrétariat du Conseil des prélèvements obligatoires est chargé d'en organiser les travaux.
Le secrétariat est dirigé par un secrétaire général magistrat de la Cour des comptes. Le secrétaire général peut être assisté d'un ou plusieurs secrétaires généraux adjoints.
Les secrétaires généraux adjoints et les autres agents administratifs du secrétariat peuvent être des fonctionnaires détachés.
Les membres du secrétariat sont nommés par le président du Conseil des prélèvements obligatoires.