Le contrôle budgétaire du Muséum prévu à l'article L. 719-9 du code de l'éducation est assuré par un contrôleur budgétaire désigné par le ministre chargé du budget et placé sous son autorité. Les conditions d'exercice de ce contrôle sont fixées par arrêté des ministres de tutelle de l'établissement et du ministre chargé du budget. Cet arrêté ne peut prévoir des modalités de contrôle a priori que sur les actes de recrutement et de gestion des personnels.