Les comptes de l'agence sont établis selon les règles du plan comptable général.

Celui-ci peut faire l'objet d'adaptations proposées par le président de l'agence après avis du collège et approuvées par le ministre chargé du budget.

Les taux d'amortissement et de dépréciation ainsi que les modalités de tenue des inventaires sont fixés par le règlement comptable et financier.

L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice, le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations et, le cas échéant, la balance des comptes spéciaux.

Le compte financier est préparé par l'agent comptable et soumis par le président de l'agence au collège, qui entend l'agent comptable. Le compte financier est arrêté par le collège. L'agent comptable produit, selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé du budget, le compte financier et les pièces annexes au plus tard à l'expiration du quatrième mois suivant la clôture de l'exercice.

Le rapport annuel fait une présentation du compte financier et reproduit le compte de résultat et le bilan.