Le contrôle des mutuelles mentionnées au deuxième alinéa de l'article L. 531-1 est exercé par le préfet de la région où est établi le siège social de l'organisme. Les attributions et pouvoirs du préfet de région à l'égard de ces mutuelles sont ceux qui sont conférés à la commission de contrôle par les articles L. 531-1 à L. 531-4 et L. 531-6.
Afin de mettre la commission de contrôle en mesure d'exercer, le cas échéant, son pouvoir d'évocation, le préfet l'informe régulièrement des opérations de contrôle qu'il entreprend. Il l'informe notamment de toute mise en oeuvre des dispositions contenues dans les articles L. 531-2 à L. 531-4. Il peut en outre proposer à ladite commission d'engager à l'encontre d'une mutuelle la procédure disciplinaire prévue à l'article L. 531-5.