L'agence de l'eau contrôle l'ensemble des éléments permettant de vérifier l'assiette des redevances, notamment les déclarations et les documents produits par les contribuables pour l'établissement des redevances ainsi que les installations, ouvrages ou activités ayant un impact sur celles-ci et les appareils susceptibles de fournir des informations utiles pour leur détermination. Le contrôle peut être effectué sur pièces et sur place.

L'agence peut demander la production de pièces ainsi que tout renseignement ou éclaircissement nécessaire au contrôle. Elle fixe un délai de réponse qui ne peut être inférieur à deux mois à compter de la réception de la demande par l'intéressé. Lorsque le contribuable a répondu de façon insuffisante, l'agence lui adresse une mise en demeure d'avoir à compléter sa réponse dans un délai de trente jours en précisant les compléments de réponse qu'elle souhaite.

Lorsqu'elle envisage d'effectuer un contrôle sur place, l'agence en informe préalablement le contribuable par l'envoi ou la remise d'un avis. Cet avis indique les années soumises au contrôle et l'identité des agents qui en sont chargés. Il précise que le contribuable peut se faire assister au cours des opérations de contrôle par un conseil de son choix.

Dans le cadre d'un contrôle sur place, l'agent de contrôle ne peut emporter des documents qu'après établissement d'une liste contresignée par le contribuable. La liste précise la nature des documents, leur nombre et s'il s'agit de copies ou d'originaux. Les documents originaux doivent être restitués au contribuable dans un délai de trente jours après le contrôle.

L'agence de l'eau transmet le rapport de contrôle au contribuable. Celui-ci peut faire part à l'agence de ses observations dans un délai de trente jours. Le contribuable est informé par l'agence de l'eau des suites du contrôle.

Il ne peut être procédé à deux contrôles successifs portant sur l'assiette d'une même redevance pour les mêmes années.

Le contrôle sur place est effectué par des agents habilités par le directeur de l'agence. L'agence peut confier à des organismes habilités par l'autorité administrative dans des conditions prévues par le décret mentionné à l'article L. 213-11-16 et mandatés à cette fin par son directeur le soin d'opérer certains contrôles techniques.