Dans chaque bassin hydrographique, une commission comprenant notamment des responsables de la pêche, des personnes qualifiées, des représentants de riverains, des collectivités locales, des administrations concernées et des associations de protection de l'environnement, est chargée de proposer les orientations de protection et de gestion des milieux aquatiques du bassin et de donner son avis sur toutes les questions y afférentes. Ces orientations sont arrêtées par le ministre chargé de la pêche en eau douce.
Un décret fixe la composition et les règles de fonctionnement de la commission de bassin.