Les décisions relatives à l'agrément des sites naturels de compensation, de restauration et de renaturation sont prises par le ou les préfets de région territorialement compétents.
Ces décisions sont prises après avis du Conseil scientifique régional du patrimoine naturel ou, lorsqu'elles sont susceptibles d'affecter des espèces animales ou végétales figurant sur la liste prévue par l'article R. 411-13-1, après avis du Conseil national de protection de la nature.
Cet avis est rendu dans un délai de deux mois à compter de la saisine de l'organisme consulté.
Le silence gardé par l'administration pendant un délai de six mois à compter de la réception d'une demande d'agrément ou de modification d'agrément vaut décision d'acceptation.