Tout éco-organisme élabore un programme d'autocontrôle comprenant les éléments mentionnés à l'article R. 541-128. Il transmet sa proposition pour accord à l'autorité administrative accompagnée de l'avis du comité des parties prenantes et de l'organisme de contrôle au moins huit mois avant la fin de la période de deux ans prévue au premier alinéa du II de l'article L. 541-10. L'accord est réputé acquis en l'absence d'opposition dans un délai d'un mois suivant la réception de la proposition. Lorsque plusieurs éco-organismes sont agréés pour une même catégorie de produits, ils se coordonnent afin de formuler une proposition de programme d'autocontrôle conjointe.

Le cahier des charges peut fixer, en tant que de besoin, des éléments d'évaluation complémentaires à ceux prévus à l'article R. 541-128 et une périodicité d'autocontrôle plus fréquente.