Le conseil d'administration se réunit en séance ordinaire sur convocation de son président au moins deux fois par an. Les convocations, le projet d'ordre du jour et les documents préparatoires sont envoyés au moins dix jours à l'avance. Le conseil se réunit en séance extraordinaire sur un ordre du jour déterminé à la demande du président, du représentant du ministre chargé de l'agriculture, du directeur de l'établissement public ou d'un tiers de ses membres.
Le conseil d'administration ne peut siéger valablement que si le nombre des membres présents ayant voix délibératives est au moins égal à la majorité des membres qui le composent.
Si le quorum n'est pas atteint, le conseil d'administration est convoqué en vue d'une nouvelle réunion qui doit se tenir dans un délai minimal de huit jours et maximal de quinze jours ; il délibère alors valablement, quel que soit le nombre des membres présents. En cas d'urgence, ce délai peut être réduit à trois jours.
Les décisions sont prises à la majorité absolue des voix exprimées. Le vote à bulletin secret est de droit s'il a été demandé par un sixième au moins des membres présents au conseil.
Toute décision concernant les personnes doit être prise à bulletin secret. Toute question inscrite à l'ordre du jour doit avoir fait l'objet d'une instruction préalable par les conseils compétents des centres dont les conclusions sont transmises au conseil d'administration.