Le directeur du port autonome exerce les attributions qui lui sont conférées par l'article 15 de la convention annexe ou qui lui sont spécialement déléguées par le conseil.

En cas d'absence, il est remplacé dans ses fonctions par l'ingénieur en chef du port quand celui-ci n'est pas directeur. Lorsque l'ingénieur en chef cumule ses fonctions avec celle de directeur du port, il est remplacé en cas d'empêchement par un ingénieur du port désigné à l'avance par le ministre des travaux publics après avis du conseil d'administration.

Au cas où l'absence du directeur se prolongerait, un directeur intérimaire pourrait être désigné dans les mêmes conditions que le directeur, sur l'initiative soit du ministre des travaux publics, soit du conseil d'administration.

Le directeur donne, dans la circonscription du port autonome, sur l'avis conforme de l'ingénieur en chef de la navigation, les autorisations nécessaires en vertu des règlements en vigueur pour établir des constructions ou autres installations dans la zone d'inondation du Rhin. En cas de désaccord entre le directeur du port et l'ingénieur en chef de la navigation, il est statué définitivement par le ministre des travaux publics.

Le directeur peut déléguer sa signature aux agents placés sous son autorité dans les limites et selon les conditions fixées par le conseil d'administration.