L'établissement est administré par un conseil de vingt membres dotés chacun d'un suppléant, conformément aux dispositions de l'article R. 321-4 du code de l'urbanisme. Il est composé comme suit :

1° Neuf membres représentant l'Etat, désignés par les ministres chargés respectivement :

-de l'urbanisme ;

-du logement ;

-du budget ;

-des transports ;

-de l'aménagement du territoire ;

-des collectivités territoriales ;

-de la culture ;

-de l'économie ;

-de la ville ;

2° Neuf membres représentant les collectivités territoriales et leurs établissements publics :

-un représentant de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur désigné par son président au sein du conseil régional ;

-un représentant de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur désigné en son sein par le conseil régional ;

-un représentant du département des Bouches-du-Rhône désigné par son président au sein du conseil départemental ;

-un représentant du département des Bouches-du-Rhône désigné en son sein par le conseil départemental ;

-un représentant de la communauté urbaine Marseille Provence Métropole désigné par son président au sein du conseil communautaire ;

-un représentant de la communauté urbaine Marseille Provence Métropole désigné en son sein par le conseil communautaire ;

-un représentant de la commune de Marseille désigné par son maire au sein du conseil municipal ;

-deux représentants de la commune de Marseille désignés en son sein par le conseil municipal ;

3° Un représentant du Grand Port maritime de Marseille désigné en son sein par le conseil de surveillance du port ;

4° Une personnalité qualifiée nommée par le Premier ministre.