Les différents sites d'implantation de la pharmacie sont placés sous la responsabilité du pharmacien chargé de sa gérance ou, en cas d'absence de celui-ci, de son remplaçant.
Ils doivent, en outre, se conformer aux règles de bonnes pratiques de pharmacie hospitalière et aux conditions de détention, prescription et dispensation des médicaments et dispositifs médicaux stériles dont les principes, fixés par arrêtés du ministre chargé de la santé, peuvent être adaptés aux conditions particulières de fonctionnement de la pharmacie de l'agence de santé.