Le conseil d'administration, dont la première réunion est convoquée par le préfet du département, se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président.

La convocation est de droit lorsque le préfet ou la moitié au moins des membres du conseil d'administration en adresse la demande écrite au président.

Les membres du conseil d'administration peuvent participer à une séance du conseil d'administration par des moyens de visioconférence permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale, dans des conditions précisées par le règlement intérieur.

L'ordre du jour des délibérations doit être porté à la connaissance des membres du conseil au moins dix jours francs à l'avance, sauf en cas d'urgence.

Un administrateur ne peut se faire représenter que par son suppléant ou, à défaut, par un autre administrateur. Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil d'administration se réunit à nouveau à cinq jours au moins d'intervalle et délibère valablement sur le même ordre du jour, quel que soit le nombre des membres présents.

Les délibérations du conseil d'administration sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

Le préfet du département, ou son représentant, exerce les fonctions de commissaire du Gouvernement auprès de l'agence. Il assiste de plein droit aux réunions du conseil d'administration et y est entendu chaque fois qu'il le demande.

Le directeur, le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable assistent avec voix consultative aux séances du conseil d'administration. Le directeur peut se faire assister par le collaborateur de son choix. En cas d'empêchement, il est représenté par la personne qu'il désigne à cet effet.

Le conseil d'administration peut entendre toute personne qualifiée dont il estime utile de recueillir l'avis.