La gestion du fonds d'aide à la qualité des soins de ville est exercée par un comité national de gestion placé au sein de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés et par des comités régionaux de gestion placés au sein des unions visées à l'article L. 183-1 du code de la sécurité sociale.
Les objectifs fixés au comité national de gestion font l'objet d'un avenant à la convention d'objectifs et de gestion signée entre l'Etat et la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés mentionnée à l'article L. 227-1 du code de la sécurité sociale.