Le préfet transmet l'ensemble du dossier au directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement. Celui-ci établit un rapport et donne son avis sur la demande d'autorisation et les résultats de l'enquête.
Ce rapport et cet avis sont présentés à la commission départementale prévue à l'article L. 1416-1 du code de la santé publique. Le pétitionnaire a la faculté de se faire entendre par la commission ou de désigner à cet effet un mandataire. Il est informé par le préfet au moins huit jours à l'avance de la date et du lieu de la réunion de la commission et reçoit simultanément un exemplaire des propositions du directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement.