L'agrément peut être retiré par arrêté conjoint du ministre chargé de la culture et du ministre chargé de la recherche lorsque l'organisme agréé ne remplit plus l'une des conditions au vu desquelles il a été agréé, ainsi qu'en cas de non-respect des obligations prévues par le présent décret, de manquements graves ou répétés dans l'exécution des opérations archéologiques ou de mises en demeure prononcées en application de l'article 55 et demeurées infructueuses.
Le ministre chargé de la culture notifie au titulaire les raisons pour lesquelles il est envisagé de retirer l'agrément et lui impartit un délai, qui ne peut être inférieur à un mois, pour présenter ses observations écrites, qui sont portées à la connaissance du Conseil national de la recherche archéologique, consulté préalablement à la décision de retrait. L'arrêté de retrait est publié au Journal officiel de la République française.