Le préfet, après avoir informé de la demande le président du conseil départemental, fait procéder à l'instruction du dossier par le directeur interrégional de la protection judiciaire de la jeunesse.
L'instruction comporte obligatoirement l'avis du juge des enfants et du procureur de la République. Ces avis sont émis, notamment, au vu du bulletin n° 2 du casier judiciaire de la personne physique ou des membres des organes de direction de la personne morale ou de l'organisme qui sollicite l'habilitation ainsi que de celui des personnels employés par la personne physique ou morale ou l'organisme demandeur. Ce bulletin n'est pas joint au dossier.
Lorsque la demande concerne un centre éducatif fermé, le directeur interrégional de la protection judiciaire de la jeunesse prend en compte les conditions d'éducation et de sécurité du centre ainsi que les modalités permettant d'assurer la continuité du service.
L'avis de l'autorité académique est également recueilli lorsque la personne physique, l'établissement, le service ou l'organisme dispense sur place un enseignement général ou professionnel et dans tous les cas où il reçoit des mineurs d'âge scolaire.