La secrétaire d'État auprès de la ministre de l'Europe et des affaires étrangères, chargée du développement, de la francophonie et des partenariats internationaux, ne connaît pas de toute décision concernant directement la fondation Afrique-Europe.
Conformément à l'article 2-2 du décret du 22 janvier 1959 susvisé, les attributions correspondantes sont exercées par la ministre de l'Europe et des affaires étrangères.