Un conseil d'orientation définit la stratégie de l'office en matière de lutte contre le trafic illicite de migrants. Le conseil d'orientation se réunit quatre fois par an. Il est présidé par le chef de l'office et est composé des représentants du ministère des affaires étrangères, des ministères chargés de l'économie et du budget, du ministère des armées, du ministère de l'intérieur, du ministère chargé du travail, du ministère chargé des outre-mer, du ministère de la justice et du secrétariat général de la mer.
L'office, sur la base de l'état de la menace, élabore la stratégie interministérielle de lutte contre le trafic de migrants et assure le suivi de sa mise en œuvre.
Il coordonne l'action des administrations et des services publics engagés dans la lutte contre le trafic de migrants.