Dans le cas de poursuites, le recteur de région académique ou le vice-recteur saisit la commission par écrit. Ce document mentionne le nom et l'adresse du candidat poursuivi ainsi que les faits qui lui sont reprochés. Il est accompagné de toutes les pièces justificatives.
La réunion de la commission n'est pas publique. Elle peut régulièrement se tenir en l'absence du candidat poursuivi.
Le recteur de région académique ou toute personne désignée par lui peut assister à la séance de la commission de discipline et présenter ses observations.
Lorsque la commission examine l'affaire au fond, son président expose les faits et donne lecture, le cas échéant, des observations écrites produites par le candidat poursuivi. Celui-ci est entendu dans ses explications. L'intéressé, son représentant légal s'il est mineur, ainsi que son conseil, peuvent à tout moment demander l'autorisation au président de présenter des observations orales.
La commission peut entendre des témoins. Cette audition est menée contradictoirement en présence du candidat poursuivi, sauf s'il est absent à la réunion, ainsi que, le cas échéant, de son représentant légal et de son conseil.
Le candidat est invité à présenter ses ultimes observations avant que la commission ne commence à délibérer.
Si elle se juge insuffisamment éclairée, la commission reporte l'affaire à une séance ultérieure. Il en est de même si le candidat, pour des motifs impérieux, n'est ni présent ni représenté et n'a pas fait parvenir d'observations.