Les contrôles s'effectuent par le biais de contrôles administratifs et de contrôles sur place.

Le contrôle administratif est exhaustif et comporte des vérifications croisées avec, entre autres, les données du système intégré de gestion et de contrôle prévu au chapitre 4 du titre II du règlement (CE) no 1782/2003.

Sur la base d'une analyse des risques conformément à l'article 32, paragraphe 1, du présent règlement, les autorités compétentes effectuent des contrôles sur place par sondage sur au moins 5 % des demandes d'aide. L'échantillon doit représenter aussi 5 % au moins des quantités faisant l'objet de l'aide.

Dans tous les cas appropriés, les États membres ont recours au système intégré de gestion et de contrôle.