Les documents d'objectifs en cours d'élaboration à la date de publication de la présente loi continuent à être élaborés dans les conditions prévues avant son entrée en vigueur. En revanche, leur mise en oeuvre est conduite dans les conditions prévues à l'article L. 414-2 du code de l'environnement.
La présidence des comités de pilotage Natura 2000 créés par l'autorité administrative avant l'entrée en vigueur de la présente loi est transférée à un représentant d'une collectivité territoriale ou d'un groupement membre du comité de pilotage dans des conditions définies par décret, à l'exception de la présidence des comités de pilotage des sites Natura 2000 entièrement inclus dans un terrain relevant du ministère de la défense.