Les membres de la Commission nationale de la déontologie et des alertes en matière de santé publique et d'environnement et les personnes qui lui apportent leur concours, ou qui collaborent occasionnellement à ses travaux, sont soumis à des règles de confidentialité, d'impartialité et d'indépendance dans l'exercice de leurs missions.
Ils sont tenus d'établir, lors de leur entrée en fonction, une déclaration d'intérêts. Celle-ci mentionne les liens d'intérêts de toute nature, directs ou par personne interposée, que le déclarant a, ou qu'il a eus pendant les cinq années précédant sa prise de fonction, avec des entreprises, des établissements ou des organismes dont les activités, les techniques et les produits relèvent des secteurs de la santé ou de l'environnement ainsi qu'avec des sociétés ou organismes de conseil intervenant dans les mêmes secteurs. Elle est rendue publique et est actualisée, en tant que de besoin, à l'initiative de l'intéressé, et au moins une fois par an.
Les personnes mentionnées au présent article ne peuvent prendre part aux travaux, aux délibérations et aux votes au sein de la commission qu'une fois la déclaration établie ou actualisée. Elles ne peuvent, sous les peines prévues au premier alinéa de l'article 432-12 du code pénal, prendre part ni aux travaux, ni aux délibérations, ni aux votes si elles ont un intérêt, direct ou indirect, à l'affaire examinée. Elles sont tenues au secret et à la discrétion professionnels dans les mêmes conditions que celles définies à l'article 26 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires.