Les organismes dont la gestion n'est pas assujettie aux règles de la comptabilité publique et qui bénéficient de taxes parafiscales, de cotisations légalement obligatoires, de subventions ou d'autres concours financiers de la part de l'Etat ou d'une autre personne morale soumise au contrôle de la Cour peuvent faire l'objet d'un contrôle de la Cour des comptes, sous réserve des compétences attribuées aux chambres régionales des comptes par les articles L. 211-4 à L. 211-6 et à la chambre territoriale des comptes de la Nouvelle-Calédonie pour les articles L. 262-7 à L. 262-9.
Lorsque les organismes mentionnés à l'alinéa précédent attribuent des subventions ou participent au capital d'autres organismes dont la gestion n'est pas soumise aux règles de la comptabilité publique, ces derniers peuvent aussi faire l'objet d'un contrôle de la Cour.
Le contrôle est décidé, après avis du procureur général, par le premier président, sur proposition du président de la chambre ou, le cas échéant, du président de la section compétente. Cette décision, qui précise les exercices sur lesquels porteront les contrôles et désigne les rapporteurs chargés de l'enquête, est notifiée aux dirigeants de l'organisme concerné ; elle est portée à la connaissance du ministre chargé des finances lorsque le concours financier ne revêt pas la forme d'une taxe parafiscale, d'une cotisation légalement obligatoire ou d'une subvention.
Le contrôle porte sur l'ensemble des comptes et de la gestion de l'organisme vérifié. Toutefois, lorsque le concours financier attribué sous forme d'une taxe parafiscale, d'une cotisation légalement obligatoire ou d'une subvention est affecté à une dépense déterminée et qu'il ne dépasse pas 50 % des ressources totales de l'organisme bénéficiaire, le contrôle se limite au compte d'emploi du concours financier que l'organisme doit établir. Si ce compte d'emploi n'est pas produit, le contrôle porte sur l'ensemble des comptes et de la gestion.