Un rapport présentant un bilan du dispositif national de contrôle interne et intégrant les conclusions des audits est établi annuellement par le directeur et le directeur comptable et financier de l'organisme national. Il est communiqué au ministre chargé de la sécurité sociale au plus tard le 30 avril de l'année suivant celle au titre de laquelle il a été établi, accompagné des rapports d'audit prévus à l'article D. 114-4-9.

Le rapport annuel de contrôle interne intègre, en sus du tableau de bord, pour les activités gérées par l'organisme et pour les activités déléguées, les informations essentielles au pilotage de la maîtrise des risques, dont :

-une information sur l'environnement de contrôle, ainsi que sur les moyens de maîtrise généraux mis en œuvre dans le cadre du contrôle interne y compris pour la lutte contre la fraude ;
-une information sur les incidents majeurs, notamment informatiques, constatés au cours de l'année et les actions correctives apportées ;
-des éléments d'analyse synthétiques sur les principales sources d'anomalies de portée financière et les conditions dans lesquelles les risques majeurs sont maîtrisés.

Il prend notamment en compte, en fonction de la disponibilité des données, les résultats afférents aux objectifs fixés dans le cadre des conventions d'objectif et de gestion conclues avec l'Etat.
Une synthèse du rapport annuel de contrôle interne est présentée au conseil d'administration lors de la séance qui approuve les comptes de l'organisme.