La compensation mentionnée à l'article R. 202-20-6 est versée dans le cadre d'une convention, d'une durée de cinq ans renouvelable, conclue à cet effet entre les services compétents de l'Etat et le laboratoire concerné.
Cette convention précise la nature des obligations de service public, les mandataires et le territoire concernés. Elle est conforme à un modèle type annexé à un arrêté du ministre chargé de l'agriculture.
Elle comporte :

-les paramètres de calcul de la compensation versée au titre des obligations de service public mentionnées à l'article R. 202-20-6, les modalités de versement et de révision de la compensation ;
-le dispositif de suivi et d'évaluation de l'exercice de la mission, les modalités de récupération d'éventuelles surcompensations, les moyens de prévenir celles-ci et le régime des pénalités ;
-ses modalités de modification et de résiliation.

Les conventions sont modifiées chaque année pour définir le montant prévisionnel de la compensation.
Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture peut fixer la clé de répartition des charges entre les activités liées à la réalisation des obligations de service public et les autres activités exercées par laboratoire. A défaut, cette clé est fixée par chaque convention.